Un grupo de adolescentes, aspirantes de Acción Católica de la Parroquia de Santa Lucía, todos estudiantes de bachillerato, se reunieron para desarrollar su afición por el fútbol, entre ellos estaban el fundador del club Ché Luis García de la Peña. Empezaron jugando varios amistosos y participando en el Campeonato por Parroquias, en el que se proclamaron campeones, lo que les animó a seguir adelante. Lo primero que hizo Che Luis fue buscar el nombre para el equipo, para ello recurrió al diccionario de latín de donde sacó la denominación: Imperator. Era el año 1944. Dos años más tarde, en 1946, decidió federarlo, pero se encontró con muchos problemas económicos y con falta de ayuda personal, pero poco a poco fue involucrando a un grupo de amigos que participaron en el sentamiento del club: Totó García de la Tore, los hermanos Loló y Cheché Calvo Conde, Luis Blanco Rajoy, Fernando Díaz Paz y Víctor Mateo de Arenaza. Todos ellos sufragaban los gastos con lo poco que conseguían ahorrar, no en vano eran sólo unos estudiantes de bachillerato.
Años mas tarde, con Ché Luis todavía en la presidencia del Imperator, recibió el encargo de fundar la O.A.R. (Obra Atlética Recreativa) en La Coruña y decidió unir ambas entidades, lo que sirvió de revulsivo al Imperator, que en esa época pasaba por una grave situación económica.
Si bien en la década de los años 50 se inicia el despegue deportivo el Imperator OAR, es en los setenta, coincidiendo con la colaboración con el Sagrada Familia, cuando comienzan a llegar los títulos a las vitrinas de la entidad, pero no sólo en el primer equipo, sino en todos los de categoría inferiores.
Destaca la decisión tomada en la temporada 1991-92 en la que renuncia a participar en la competición local para dar el salto a categoría inferiores, camino que inició en Tercera Regional y que culminó con el ascenso a Tercera División Nacional en la temporada 1996-97.